Para desinstalar o linux e reinstalar o windows voce precisa quebrar as partições do hd, portanto precisa usar um programa, por exemplo dá pra fazer através do freeDOS, utilizando o comando fdisk.
Acredito que é possível também através do programa gparted, você pode baixá-lo no site do superdownloads. Após quebrar as partições vc pode formatar o hd pelo DOS se for reinstalar o windows ou pelo próprio cd do Ubuntu, caso vá reinstalar o linux.
Para recriar as partições do Ubuntu 9.04, deverá fazê-lo usando o próprio cd de instalação do Ubuntu. As partições são primárias e o sistema de arquivo voce escolhe EXT4. Se for o Ubuntu 8.x voce utiliza o sistema de arquivo EXT3.
Quando vc instala o Ubuntu, o sistema pergunta se o particionamento do hd será automático ou personalizado. Acho melhor escolher a opção "personalizada", porém ao fazer a montagem da partição não se esqueça de salvar a montagem do hd.
Voce pode fazer desta forma:
primeira partição primária: raiz "/" EXT4
segunda partição: swap
terceira partição primária: "/home" EXT4
Espero ter ajudado...
Abraços!