bem no menu do fluxbox tem uma ferramenta de configuração e lá tem a opção transparency, é so clicar na area de trabalho com o botao direito e mudar a opção alpha, se nao conseguir abra o arquivo init no diretorio oculto ~/.fluxbox e mude as opções que tiver alpha no final, ex:
session.screen0.menu.alpha: 255 #o valor 255 deixa o menu opaco mude pra 150 #assim:
session.screen0.menu.alpha: 150