Olá ,
Dê Um boot pelo windows, passe um chkdsk /r no prompt de comando ou passe um scandisk => meu computador => botão direito em cima do seu hd => propriedades => ferramentas
Explicação do que ocorre:
Toda vez que voce desliga o computador, o windows deveria verificar se o disco está limpo, mas não o faz. Como o GNU/Linux foi inicialmente pensado para servidores, ele tem a segurança como religião, logo ele não monta uma partição não limpa.
Quando voce passa o chkdsk ( checkdisk ) só aí é que o windows marca a partição como limpa.
Tudo volta ao normal.
[],s