Parto do princípio que estás a utilizar o Ubuntu com Gnome (como ele vem já de raiz, e não Xubuntu ou Kubuntu)
vê se é o seguinte: clicas com o botão direito em cima do wallpaper - a última opção deve ser como 'change desktop background' - podes achar estranho, mas é isto mesmo - ao seleccionares, há uma última tag escrita 'visual effects', seleccionas, e seleccionas a opção 'none', e os efeitos vão ser desactivados de imediato.
disse os nomes em inglês (como está o meu), mas em português deve ser coisa semelhante
verifica se é isto mesmo, e responde dizendo que tal! =)