Estranho. Normalmente ele cria o atalho.
Você pode usar Alt+F2 e digitar transmission, mas quando ele mostrar o ícone do transmission não aperte enter ainda. Clique no ícone e arraste para onde quiser (Área de trabalho ou painel do gnome). Essa é uma maneira prática de se criar atalhos. Acho que esse método não funciona para adicionar o atalho no menu. Nesse caso você precisa usar o editor de menus.