Olá, eu instalei e gostei, pra instalar foi só, num terminal sudo apt-get install kmldonkey mldonkey-server. Na instalação pergunta se quero que inicie no boot, escolhi não, então ele avisa que tenho que carregar mldonkey-server, manualmente, num terminal digitei mldonkey-server, e então abri o kmldonkey. (obs. uso o kubuntu, se preferir pode instalar mldonkey-gui). E só tá baixando sem problemas, comecei agora há pouco.