Night Light, eu tive este problema quando ativei os efeitos visuais, tanto no "Extra" quanto no "Normal" (no modo "Nenhum" não acontecia esse problema). Solucionei da seguinte maneira:
1. Abrir um terminal, escrever gstreamer-properties e dar enter.
2. Clicar na tab Video.
3. Em baixo de Default Output (ou saída padrão), em Plugin, selecionar “X Window System (sem Xv)”.
4. Clicar em Teste para verificar se o vídeo é reproduzido corretamente (irá aparecer umas listras coloridas como numa TV).
5. Fechar.
O Totem agora está perfeito, mas o Mplayer só pára de piscar quando está em modo tela cheia. Espero que pra ti funcione.