1) provavelmente hibernou o windows e o linux não consegue aceder por causa disso. O linux só consegue aceder a partições NTFS (sem forçar, obviamente) se estas partições tiverem sido removidas correctamente. E, quando o windows é hibernado, o disco não é "removido".
2) se calhar está a referir-se a secções administrativas, não? para mexer nesse ficheiros precisa de permissões administrativas (utilização do comando sudo ou gksu).
4) tente utilizar pacotes .deb. Para utilizadores novatos é melhor não aventurarem-se com ficheiros de instalações do tipo tar.gz. No entanto, se precisar mesmo de instalar algum pacote através desses ficheiros utilize o programa "alien" para a instalação:
* para instalar o alien:
sudo apt-get install alien
* e, depois, para instalar o tais pacotes tar-gz faz algo do género:
sudo alien --scripts ficheiro.tar.gz
sudo dpkg -i ficheiros resultantes.deb
Quanto a instalação de temas, se fez download de temas para o gnome, normalmente basta arrastar o ficheiro para o programa "Referencias de aparência" em Sistema->Preferências->Aparência.
Para fazer download de temas, é aconselhável utilizar um site fidedigno, por isso utilize este que tem sempre nos comentários informação adequada para os utilizadores:
http://gnome-look.org/