Pesquisou por "resquícios" do Gnome-do nas pastas: .cache, .config, .gnome, .gnome2 ?
Tentou purgar o aplicativo?
sudo aptitude purge gnome-do
Acredite, não funcionou, continua com as configurações salvas.
A pasta .gnome não existe no meu, entrei até em uma .local na home e tinha coisa do gnome do, gnome2_private, e fui entrando e excluindo tudo, voltei a instalar e o bicho ainda tava com o mesmo tema que deixei.
Esse negócio de largar coisa pra todo lado as vezes sai do conceito de organização e parece mais bagunça.
Quando ele é instalado, nem icone do gnome do fica no menu, fica um icone feio, tipo aplicação tabajara, em uma versão anterior que instalei, ficava o icone do gnome do, mas aquele não tem dock.
Valeu pela força.
Abraço.