Você não precisa logar como root para instalar programas ou executar tarefas que exijam tais permissões, no Ubuntu você pode usar o comando sudo antes do que você deseja executar, como por exemplo o shutdown (para desligar o micro.... seu usuário não poderia fazer isso pelo terminal, então bastaria fazer como no exemplo:
sudo shutdown -h now
seria pedida sua senha de usuário e pronto, comando executado
Agora, quanto a segunda dúvida, o correto seria você pesquisar no fórum a respeito da instalação do Mercury-Messenger, para não misturar vários assuntos dentro do mesmo tópico, mas só adiantando: .rpm são pacotes para Red Hat e derivados, o ubuntu usaria .deb. E antes de baixar programas para instalar procure sempre no Synaptic para ver o programa não está na lista dos repositórios oficiais do Ubuntu, é bem mais prático.