Provavelmente o problema seja vc ter instalado o ubuntu dentro do windows, eu fiz o live dvd e funciona, mas nunca faço no modo completo.
Eu faço apenas normal, se preciso reinstalar, salvo as pastas ocultas de configuração, firefox, amsn, thunderbird, e depois de instalado o sistema, jogo elas pra dentro e pronto, tudo configurado.
Pra vc testar, pode fazer uma maquina virtual, com uns 8gb apenas, instala o ubuntu, instala o remastersys e faça a iso, grave em um cd ou dvd-rw, e testa na própria maquina virtual, dando boot pelo cd nela, se funcionar direitinho, ai seria melhor vc instalar o ubuntu em uma partição separada no teu hd, e não dentro do windows.
Abraço.