também tô com esse problema, uso o Ubuntu 8.10 (sem o Compiz ativo, mesmo tendo placa de vídeo decente) e notei que, ao abrir programas de tela cheia, muitos deles abrem com a janela "por trás" de uma janela ativa em vez de se tornar a janela da vez ativa. Por exemplo, com o Firefox aberto em tela cheia, se eu abrir o Terminal ele abre com a janela "por trás" do Firefox, além de abrir sempre colado no lado superior esquerdo (mesmo que eu o coloque no meio da tela, feche-o e abro-o novamente) sendo que, pra trazer a janela pra frente, tenho que clicar na barra de janelas correspondente no Painel.
Tem como ajeitar isso? Já fucei o Editor de Configurações e não achei nada à respeito.