Quando eu faço este procedimento (e já fiz três vezes) eu seleciono manualmente os pontos de montagem - se você instalou manualmente o Ubuntu com partição separada para o /home, deve saber como fazer isto. Na partição do / você assinala a opção "formatar", mas não assinalo esta opção para a partição do /home. Porém, se tens problemas com configurações equivocadas, é bom dar uma limpada do /home antes. Procure pelas pastas ocultas (começadas com .) daquilo que você suspeita que pode ter causado os problemas, pois as vezes o problemas é uma pasta oculta guardada no /home com configurações esquisitas. Se você criar o usuário com o mesmo nome da instalação anterior, tudo que estiver no /home/~, em matéria de pastas ocultas com arquivos de configuraçãoes dentro, será reaproveitado caso você não formate a partição do /home. Então, até o papel de parede retornará aser o que era antes de formatar.