Na verdade a transparência específica do terminal e a das janelas com compiz são coisas diferentes. No terminal você pode ir em Editar->Perfil atual->Efeitos, seleciona Fundo transparente e configura a seu gosto. Essa configuração é salva e recuperada a cada execução do terminal, precisando ser desfeita para voltar ao normal. No compiz basta colocar o mouse sobre qualquer janela, segurar a tecla Alt e girar o botão 3 do mouse, vulgo "rodinha", para ajustar a transparência de acordo com sua preferência. Essa configuração não é salva e quando você executar o programa novamente, ele estará sem transparência nenhuma.