Quando você baixa algum aplicativo dos repositórios, via apt-get, synaptic e etc... ele vem em um pacote .deb, assim como os pacotes disponíveis no Getdeb. Geralmente os programas dos repositórios estão um pouco atrasados quanto a versão, e alguns em suas mais novas versões já estão no getdeb, que é um site independente do sistema/repositórios. Para um aplicativo entrar nos repositórios, teoricamente ele deve ser testado, e aprovado.
Programa compilado roda com mais leveza, velocidade, mais pacotes (baixados dos repositórios, ou getdeb no Ubuntu com formato .deb), funcionam normalmente, mais pré-compilados de forma genérica para as mais variadas arquiteturas.