Já tive problemas semelhantes com o APTonCD. Ele é um excelente software, mas melhor que usá-lo é apenas copiar todo o conteúdo do diretório /var/cache/apt/archives para uma mídia externa.
Em uma nova instalação basta copiar o conteúdo novamente para o diretório e usar o apt-get normalmente, e nada será baixado da internet.
[]'s
Cristiano