removeu essa regra que vc adicionou incorretamente?
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth0 -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 3128
vc mesmo redirecionou o trafego da sua eth0 da porta 80 para a porta 3128 o que lhe obriga a especificar isso no browser, mas não tem nada a ver com proxy transparente, o proxy transparente "por padrão", não se aplica a eth0, e sim, somente aos pcs que fazem as requisições que chegam a eth1, por isso, esqueça proxy transparente para o servidor, pois ele esta acima do proxy, a eth0 esta acima do proxy, o servidor tem a internet liberada e as regras por padrão, não se aplicam a ele, sómente aos pcs que chegam a eth1 (isso não é 100% verdade, mas assim fica melhor de entender). Não sei exatamente qual tutorial vc seguiu, mas sei que vc seguiu cegamente e quando isso ocorre, vc pode causar um problema de dificil solução, vc tem de estar atento se sua estrutura é igual a do tutorial, se algo tem versão diferente da qual esta no tutorial e fazer alterações que não constam no tutorial, pois o mesmo não foi escrito seguindo sua estrutura. Tenho certeza que nesse que estava seguindo, a pessoa simulou uma rede inversa da sua, onde a rede local estava na eth0 e a internet na eth1 e vc não percebeu, copiou e colou, e, algumas vezes, um erro assim pode não ter concerto.
Remova a regra para ai, estabelecer o trafego novamente a porta 80 na eth0.