Deluge-Torrent (Bom se vc usa o Gnome).
Transmission (virá padrão na próxima versão do Ubuntu).
Ktorrent (se você usa KDE, é o melhor).
Qtorrent (parece ser bom, mas não em adaptei).
Azureus (vem com vários plugins, mas é pesado).
Boa parte deles está nos repositórios/synaptic (se não todos).