Se entendi direito, depende de como você mesmo configura, o Ubuntu, por padrão usa a codificação UTF-8, enquanto que o Windows faz uso da ISO-8859-15 (se não me engano, já faz algum tempo que não utilizo tal SO), já o Fedora eu não sei qual usa, mas desconfio que também seja o UTF-8... a mesma coisa acontece em meus HTML's/PHP's da vida sempre especifico um <meta http-equiv="Content-type" value="text/html; charset=utf-8"> no início de meus arquivos, caso contrário os acentos e outros sinais gráficos se perdem todos.