Depois de configurar seu computador todo com o tema, vá em Preferências/Aparência e aperte Gravar Como. Depois de reinstalar o sistema, você vai ter que reinstalar o tema. Mas nesse caso vai ter que reinstalar também o awn no inferior da tela.
Agora, se você simplesmente restaurar o seu diretório HOME, não vai ter que fazer absolutamente nada. Só se logar com o mesmo usuário que terá o mesmo HOME, e pronto, igualzinho como estava antes.