isso vai depender do programa, por exemplo o player padrão é o rhythhmbox, mas tem player que dá a opção de ficar padrão, o exaile que uso faz isso.
acho que também o gconf-editor faz isso
Aperte ALT-F2 e digite na caixa de diálogo que abrir logo em seguida o seguinte comando: gconf-editor
Mas te indico uma busca nesse forum sobre o caso desse comando, p/ essa tarefa