Amigo, eu desabilito para as partições Windows porque acho que quem tem que cuidar delas é o próprio Windows (o Ubuntu não precisa se meter com elas, não é?).
Já as do Ubuntu, se eu desabilitar, quem vai cuidar delas?
E tem mais. O Ubuntu checa as partições ext3 a cada 20 montagens e gasta muito pouco tempo para tanto. Isso não me atrapalha e dificilmente pode atrapalhar alguém.
Finalmente, se a minha dica resolveu seu problema, peço que siga a etiqueta do Fórum e coloque um "resolvido" no título do seu tópico.
Abraço.