Eu removi o programa de torrent do Gnome (não lembro se o nome dele é "bittorrent" ou "gnome-btdownload") e instalei o "deluge-torrent", bem mais parecido com o "utorrent" do Windows.
Mas, o que interessa para você, é que a remoção do cliente para torrent do Gnome tornou o Deluge (ele é bem menor e mais leve que o Azureus) padrão para torrents, sem nenhuma configuração especial.