Olha só o Gutsy já tem o Compiz-fusion em seus repositórios, pode até ser que não seja exatamente a última versão, mas ele já tem.
A atualização é feita de todos os pacotes, e os poucos que não são feitos serão deletados para evitar problemas.
Suas configurações normalmente são mantidas, e caso algum arquivo de configuração deva ser substituído normalmente você recebe uma mensagem questionando sobre a substituição.
A atualização não é uma rotina precisa, pode funcionar para um e para outro não, mas minha experiência foi boa, pois eu executei na migração do Edgy para o Feisty sem problemas.
Espero ter ajudado.
[]'s
Cristiano.