Estou usando o Debian Lenny (comecei com o Etch e fiz upgrade) numa máquina e ele não vem com o sudo habilitado para o usuário criado na instalação, o que quer dizer que as tarefas administrativas são executadas pelo root, cuja senha é pedida também na instalação.
O Synaptic funciona pelo menu do Gnome (estava em "Desktop > Administração" no Etch com Gnome 2.14 e passou para "Ferramentes do Sistema" no Lenny com Gnome 2.18), mas é autenticado por senha uma única vez por sessão.
Assim, na teoria, habilitada a conta de root no Ubuntu, o funcionamento do Synaptic deveria ser como dito acima, ou seja, com autenticação por senha. Ele não deveria funcionar quando invocado pelo usuário comum, salvo se o terminal estivesse sob domínio do root (comando "su + senha").