Olá woises.
Se você quer multi-plataforma, você precisa programar em
Ansi C. Este é o padrão Ansi de programação e é o mais utilizado. Se você ficar dentro deste padrão seus programas serão multi-plataforma (lógicamente você precisa compilar seus fontes em cada plataforma).
Das bibliotecas que você citou, algumas são multi-plataforma, e você pode usar o mesmo código, includes, funções. Acho que são estas (se tiver mais alguma alguém avisa):
stdlib (# include <stdlib.h>
time (#include <sys/time.h>)
stdio (#include <stdio.h> )
math (#include <math.h> )
A conio é uma biblioteca da Microsoft, ou seja, não rola aqui. (se duvidar não tem nenhum padrão hehe)
A iostream é uma biblioteca do C++, não do C.
ctype e window eu tenho pouco conhecimento e prefiro não opinar.
Valeu!