Eu tive este mesmo problema, o que acontece é que tu ao chamar o nautilus abriu o desktop dele também, inclusive o wallpaper, no caso o correto seria chamar com o comando nautilus --no-desktop, para ti resolver o teu problema, tente dar um killall nautilus para ver se volta as tuas configurações, senão, e isso foi o que resolveu no meu caso, configure para que aparece a tela de login do XFCE, escolha outra sessão e não a que tu tinha salvo antes, qualquer coisa é só falar.