Amigo,
aMSN, aMule não precisa de automatix nem nada... tem tudo no Synaptic. Mas se quiser instalar pelo automatix... eu instalei tudo normal mesmo.
Se não tiver, ao baixar dê preferência a arquivos .deb, que são pacotes de instalação de softwares.
Se não existir .deb, só tar.gz mesmo, estes são arquivos compactados, tipo um .zip. Dentro dele pode ter qualquer coisa, normalmente, basta você descompactar em um diretório e rodar, por exemplo.
Um exemplo que te dou é o Google Earth, que tem o .deb e o .tar.gz. Mas este, o .tar.gz tem um arquivo lá de instalação. Então vc descompacta no /tmp mesmo e executa para instalar.
O Thunderbird 2.0, por exemplo, não tem instalação nem .deb, basta descompactar o .tar.gz dele por exemplo no /opt/thunderbird e executa o arquivo thunderbird.
