Aconteceu comigo quando removi quase 100 MB de fontes .ttf que eu não uso e que fazem parte do pacote ubuntu-desktop.
Eu fiz a tal atualização parcial, o apt reinstalou as fontes removidas e eu as removi de novo (fica uma lista absurdamente grande no OOO, e um saco para escolher/chegar até a fonte que vc. quer).
No mais, tudo certo e nenhum pacote quebrado.