As duas coisas. Qualquer sistema de arquivos que você escolha terá pontos positivos e negativos.
O Reiserfs aproveita melhor o espaço do HD em relação ao EXT3, mas consome mais recursos do processador. Esse assunto dá muito pano para manga. Sugiro que você procure mais informações no Google sobre sistemas de arquivos Linux. Segundo análises que já li, o XFS seria o melhor deles. Mas ele já me corrompeu dados do meu sistema. É preferível usá-lo com um NoBreak.