O recomendável é você instalar o Windows primeiro eu recomendo separar seu HD em 4 partições (Ex: Se ele tiver 80GB, pode ser 20 para Windows, 20 para Ubuntu, 39,5 para downloads e arquivos importantes e 0,5 para Swap).
Depois de instalado, intale o Ubuntu em outra partição e ele automaticamente instala o GRUB (se você sleecionar), que automaticamente cria um seletor de boot para os sistemas. Em seguida, você deve configurar para que o Windows seja o sustema default, deixando junto a ele a linha "default=0" (sem aspas) no arquivo que estiver no diretorio /boot/grub/menu.lst.