O applet "lista de janelas" do Gnome sempre ocupará uma única linha porque não tem opção de configuração para duas linhas. Para ver as opções de configuração, clique com o direito do mouse no ponto (ou outro sinal, como uma listra, dependendo do tema GTK utilizado) antes da primeira janela listada (a da esquerda) e veja as opções em "preferências".
Então, não tem como atender seu desejo no Gnome (mas é possível no KDE).