Sem dúvida a melhor escolha é um joystick USB. Joysticks do tipo dos que são plugados na placa de som às vezes são difíceis de configurar. Já os USB geralmente é só plugar e usar. Um exemplo, para configurar um joypad de 8 botões que eu tenho precisei usar esse comando:
modprobe analog map=61695
Para quem tem dúvidas sobre o "map=61695", consulte a documentação de joystick do kernel. Além disso é preciso calibrar, mesmo sendo um joypad digital. Como uso KDE a coisa é mais fácil, já que o KDE já tem um calibrador de joysticks no painel de controle, mas para quem usa o Gnome é preciso usar o jscal. Agora, ele foi substituído por um joystick USB genérico, desses que imitam o controle do ps2, esse foi só plugar e usar.
Agora, quanto aos modelos que usam a porta paralela, esses são uma gambiarra, pode esquecer.