A princípio parece uma coisa simples de resolver, basta habilitar os repositórios multiverse e universe, remover o unrar-free e instalar assim:
sudo aptitude update && aptitude install rar unrar
Isto resolve a maioria dos problemas com arquivos .rar, mas não todos, eu por exemplo tenho problemas para descompactar arquivos .rar que tenham arquivos contidos nele com caracteres especiais como parênteses "( )" por exemplo.
Outro problema que encontrei, mas não testei com arquivos .rar e sim com .zip é relativo ao tamanho dos arquivos. Quando se tenta descompactar um arquivo único maior que 2.0 GB ele também dá erro e não descompacta.
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