Tem sim, depois de instalar o numlockx, você abre o arquivo /etc/X11/gdm/Init/Default para edição, através do comando:
sudo gedit /etc/X11/gdm/Init/Default
Bem no final do arquivo, antes da linha exit 0, você coloca o seguinte:
# Ativar NumLock ao iniciar o X
if [ -x /usr/bin/numlockx ]; then
/usr/bin/numlockx on
fi
Após reiniciar, o NumLock deve estar ativado na tela de login.