joubert,
Eu uso o ubuntu 6.06 LTS, se por exemplo, eu quiser atualizar o kernel desta versão do linux, o que devo fazer?
Se você não tem conhecimentos sobre como funciona o kernel e os drivers não recomento instalar o kernel manualmente.
E se eu quiser aprender mais sobre kernel qual o livro que vocês me indicam?
Tem os pré-requisitos, ou seja, sabe C ? Eu recomendo primeiro um livo sobre sistemas operativos, se quer aprender concretamente sobre o kernel Linux para desenvolvimento então deve saber C primeiro. Tambem existem bons livros sobre como desenvolver drivers para Linux.