Então... não é pra configurar como controlador de domínio, e sim como controlador de domínio secundário, que é uma configuração ligeiramente diferente.
Você primeiro precisa fazer seu servidor Ubuntu entrar no domínio, e autenticar usuários a partir de lá, depois fazer com que ele armazene (sincronizando) e autentique usuários pelo domínio.
Eu não tenho os detalhes dessas configurações agora, mas algumas buscas podem trazer bons resultados.
Dê notícias.