Olá
Um virus só poderá afetar todo o sistema se o usuário for o root (equivalente ao administrador do Windows).
Não é de estranhar, portanto, que quando os usuários do Windows resolvem migrar para o GNU/Linux, eles custam a acreditar que não precisarão de antivírus.
Segue abaixo algumas das recomendações mais comuns da área de segurança no GNU/Linux:
1. Quando notificado sobre atualizações de segurança, em sua distribuição GNU/Linux, procure instalar imediatamente.
2. Não instalar antivírus, você realmente não precisa dele no GNU/Linux. A menos se você for compartilhar arquivos com o Windows.
3. Ativar o Firewall, caso não esteja ativado:
sudo ufw enable
4. Utilizar somente repositórios oficiais, sempre que possível. E utilizar repositórios alternativos, somente quando estritamente necessário e com muito cuidado.
5. Manter o ambiente Java (OpenJDK e Oracle Java) desabilitado por padrão no navegador, e só habilitá-lo quando necessário.
6. Usar Wine com muita cautela, evitando programas que possam ser considerados perigosos.
7. E o mais importante de tudo: use o bom senso.