A filosofia do Gnome é: Disponibilize tudo, mas coloque os recursos avançados longe dos olhos dos iniciantes.
Já o KDE prefere mostrar tudo e fica aquele monte de recursos que pode confundir usuários iniciantes ou facilitar pra usuários experientes.
Pelo menos em teoria. Pq pra mim os 2 são muito fáceis.
Eu prefiro Gnome pq acho mais robusto e pq a maioria dos programas que eu uso são feitos pra ele: GIMP, Inkscape, Xara Xtreme, Firefox, Gaim, Evolution, Ekiga, Xchat, Mplayer, Listen, etc.
A unica coisa que uso do KDE é o Scribus (as vezes) e o Skype (tbm as vezes).
Agora tem gente que usa konqueror, kopete, amaroK, k3b, etc etc etc... Ai o KDE é melhor.