A coisa tá meio confusa até pra mim.
Deixa ver se consigo explicar um pouco de acordo com seu relato.
Pra fazer o Dual boot com o Windows você vai ter que desativar o secure boot. Com o secure boot desligado, você ainda vai ter a opção de usar a opção de boot legacy ou não. Prefira
não usar o boot legacy se o Windows já estiver instalado! Entre no Windows e redimensione a partição dele pra deixar o espaço que você vai querer para o Ubuntu. Finalmente você poderá usar o instalador do Ubuntu de duas formas! Usar o particionamento automático dele, que deve detectar automaticamente a partição vazia que você criou, ou fazer o particionamento manual.
Sugiro que você assista à vários vídeos de instalação em dual boot do 16.04 até se sentir mais seguro do que fazer:
https://www.youtube.com/results?search_query=instalar+ubuntu+16.04+secure+boot+UEFIQuanto ao acesso ao sistema apenas pelo PenDrive é muito simples. Você ainda não passou o cartão, mas usar o sistema pelo PenDrive é o modo "Live-CD" ou "Live-USB"! Ou seja, o seu sistema não está instalado no HD ou SSD, está rodando pelo Pendrive de forma temporária, você usa ele assim para fins de teste sem mexer no sistema já instalado no seu HD, seja ele Windows ou Linux.
Leia mais sobre isso aqui:
https://help.ubuntu.com/community/LiveCDAssim sendo, fica claro agora que se você remover o PenDrive, já que é de lá que o sistema esta funcionando, ele vai sumir!
Você teria que iniciar o sistema pelo HD, sem o Pendrive, para usar o sistema de maneira permanente e não temporária! Existe como usar o Pendrive de maneira a gravar as alterações nele, mas isso é outra longa história! Não quero confundir ainda mais sua cabeça agora!
Assista aos vídeos e leia a documentação do Ubuntu e diga depois se sanou as suas dúvidas!