Pois então, /igorcsandrade/,
Dissemos lá pelas tantas para que você desligasse todas as ppa's, mas na verdade isso era apenas para restringir a amplitude da questão e equacionar o problema, pois a essência da questão não é exatamente essa.
O seu sistema está funcionando, embora tenha algumas correções a serem feitas (por exemplo, o erro no software "Mendeley Desktop for Ubuntu"), que evidentemente precisa pesquisar e acertar a instalação e o repositório, porém de uma forma mais ampla você precisa decidir o que quer manter no seu sistema ou não e se dedicar a analisar isso caso a caso.
Aquelas ppa's que você tenha interesse, evidentemente precisa voltar a habilitar as respectivas atualizações e ir fazendo isso uma a uma e verificando se não ocorrem erros, principalmente observando se a ppa escolhida ainda possui manutenção ativa, assunto esse que estou ligeiramente lembrado de termos conversado algum tempo atrás.
Sobretudo procure entender o conceito do que sejam os repositórios, o que sejam ppa's, enfim, o que significa o processo de atualização do mundo Linux, porque essa visão conceitual é que melhor permitirá comprender como manejar adequadamente isso.
Note que na verdade essas circunstâncias, idas e vindas, marchas e contramarchas são naturais de quem está iniciando num novo sistema operacional, fazem parte da tão propalada curva de aprendizagem e, assim, deixar tudo um tanto quanto bagunçado faz parte desse processo.
Recordo-me de lhe ter dito há uns dois meses atrás para fazer um backup da instalação original da Dell, através da ferramenta que eles fornecem, de tal forma que pudesse repor o sistema nas condições de fábrica e a razão disso era exatamente essa, ser natural a sua experimentação em decorrência do aprendizado.
Lá pelas tantas, já tendo adquirido um pouco mais de experiência e, então, compreendendo melhor o funcionamento do Linux e também sabendo melhor o que quer, então certamente será o caso de refazer integralmente a instalação, já agora de uma forma menos errônea.
Talvez seja o caso de avançar no aprendizado de uma forma mais estruturada, o que significa estabelecer um programa de estudo através de leituras adequadas, pelo que muitas de suas dúvidas atuais facilmente desaparecerão.
Ter vindo ao mundo Linux é uma demonstração clara de que você sabe pensar "fora da caixinha" e certamente é inteligente para dominar esse novo cenário sem muita dificuldade, então entenda essa condição de adaptação como natural e tenha a certeza que em pouco tempo estará tirando tudo isso de letra.