por enquanto sem solução para meu problema
Pois é, dessa vez a situação ficou feia mesmo, parece que existe um problema aí que não sei exatamente qual seja.
Não cheguei a reler e reverificar aquele tópico anterior que mencionei, você disse que aquele método não está funcionando agora para o Ubuntu padrão versão 16.04, então estou confiando nisso sem ter verificado.
As duas outras soluções, acrescentar no rc.local e nos aplicativos de sessão essas testei aqui e realmente não funcionaram.
Cheguei a colocar o comando num script e mandar executar o script no 'aplicativo de sessão' e ainda assim não funcionou.
Possivelmente é mesmo necessário que o ambiente desktop esteja todo carregado para o gsettings funcionar, entretanto, ainda não tenho certeza disso.
Existem outras maneiras de colocar aquele comando no início do sistema, mas aí precisa de mais tempo para estudar isso e ver se funcionaria.
De toda forma evidentemente há um problema nisso, na medida em que o gsettings não fixa o valor da variável.
O dconf-editor é apenas uma simples interface gráfica para o gsettings.
Bem, desenvolvi uma "solução caseira" aqui para a questão e quando digo "solução caseira" é exatamente isso, uma solução própria, não trazida de nenhuma outra fonte, referência ou lugar e o problema disso, por consequência, é que evidentemente não está exaustivamente testada, portanto, pode vir a apresentar problemas ou outras consequências que no momento não consigo perceber, então o único modo é colocar em prática e ir testando e observando.
Até acho, conceitualmente, que não haverá maiores problemas, porém evidentemente, querendo, faça isso por sua conta e risco, não tenho como garantir.
Vamos ver se consigo explicar detalhadamente o método que aqui funcionou e está funcionando com o cursor para 48 usando o ambiente padrão e tema padrão do Ubuntu (Ambiance).