Se for um caso que passei no colégio que leciono a noite, fiz o seguinte:
1. Pressionei CTRL + H;
2. Apareceu uma pasta com nome TRASH;
3. Dei 2 cliques nesta pasta. Dentro, estavam todos os arquivos que tiveram as extensões modificadas;
4. Copiei estes arquivos para o desktop;
5. Formatei o pendrive com o GParted;
6. Copiei novamente todos os arquivos para o pendrive.