Qual versão do Ubuntu? 32 ou 64bits? Está usando a porta traseira da placa mãe ou uma frontal do gabinete?
Este problema é antigo e afeta distros Linux em geral . O culpado é o kernel na maioria dos casos. As vezes o gerenciador de arquivos escolhido pode dar problema, mas no geral se o problema não for de hardware, ou seja, o pendrive com problemas ou a porta usb utilizada, o kernel é o culpado.
Se quiser ter uma explicação técnica do que acontece, e seu inglês for bom, sugiro ler o seguinte artigo:
http://lwn.net/Articles/572911/Como o artigo acima sugere, você pode fazer alterações em alguns parâmetros do kernel para que o problema seja diminuído, mas não resolvido!
Como não sei qual versão do Ubuntu você usa.....
De qualquer maneira, você pode tentar alterar os valores do
vm.dirty_background_bytes e do
vm.dirty_bytes.
vm.dirty_background_bytes = 4194304
vm.dirty_bytes = 4194304
Alterações do
vm.dirty_ratio e do
vm.dirty_background_ratio também podem ajudar. Mas esses valores vão depender muito da sua quantidade de RAM.
Há sim, os valores acima deve ser colocados no arquivo
/etc/sysctl.conf e depois de salvo você pode usar o comando como root:
sysctl -p
Para que os valores tenham efeito. Depois tem que testar. Com essas alterações a velocidade final de transferência deve cair, mas ele não deve travar ou passar muito tempo sem transferir o arquivo.
Testa aí!