Se você instalou o Flash pelo arquivo tar.gz do site da Adobe, basta, primeiro, seguir as instruções do readme.txt que vem junto para desinstalá-lo:
Uninstallation instructions
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Manual uninstallation (for users who installed the plugin via Install script):
o Delete libflashplayer.so binary and flashplayer.xpt file in
directory /home/<user>/.mozilla/plugins/
O arquivo libflashplayer.so vai estar na pasta de plugins do navegador (se você instalou corretamente antes, você o copiou para essa pasta). Já o flashplayer.xpt está na localização informada acima.
A partir daí, basta baixar o arquivo tar.gz mais atual e seguir os mesmos passos da instalação de antes (que também tem no readme.txt).
Ou seja, você precisa desinstalar manualmente e depois instalar manualmente, outra vez.
Agora, o que eu aconselho mesmo, é instalar o flashplugin-installer:
sudo apt-get install flashplugin-installer
Embora isso funcione tanto em 32 bits quanto 64 bits, se você tiver um sistema 64 bits o melhor é você habilitar o repositório dos parceiros da Canonical e instalar o adobe-flashplugin. Ou seja, para o Lubuntu, em Menu de Aplicativos, Preferências, clique em "Programas e Atualizações" e na abra "Outros Programas" marque Parceiros da Canonical. Depois no terminal:
sudo apt-get update
sudo apt-get install adobe-flashplugin
Para o Chromium, instale o seguinte:
sudo apt-get install pepperflashplugin-nonfree
Para o Chrome, como foi dito, o flash já vem incluso.
No mais, no Firefox, o meu conselho é ir em about:addons > Plugins > marcar Shockwave Flash como "Sempre perguntar" ou "Ask to activate". Assim, o flash só vai carregar se você clicar sobre a propagando ou vídeo em flash.
Dessa forma, as atualizações virão automaticamente.
Você pode usar a Central de Programas para instalar esses pacotes também.