Não é boa idéia usar "PermitRootLogin yes". De qualquer forma, no Ubuntu, não faz muita diferença, pq por padrão o usuário root está desabilitado, e todos os acessos precisam ser feitos com um usuário administrador, pra depois ganhar privilégio com "sudo". Dá pra contornar, mas dá muito mais trabalho que simplesmente aprender a usar.
Em todo caso, fica outra sugestão, mais segura: em vez de "PermitRootLogin yes", tentar "PermitRootLogin without-password". Assim, não é possível fazer o acesso usando qualquer senha que venha a ser definida para o root; a única forma de acessar é por chaves criptográficas, o que permite que vc execute scripts remotos.