Suspeitei desde o princípio!
O problema não é esquecer a senha. Acontece que você ta querendo usar o controle de playstation no nintendo 64. Da até pra adaptar, mas o resultado é um frankenstein.
Não tente trazer os costumes de uma distribuição para outra, esta é minha recomendação. O Ubuntu foi feito pra rodar sem conta de root. O administrador é o primeiro usuário cadastrado na máquina e se quiser crie outros usuários. Pra acessar comandos administrativos use o SUDO.
Deixa eu tentar te explicar mais ou menos o que você fez:
A conta do root vem desabilitada por padrão no Ubuntu certo? Pra você acessar você usa o "sudo" antes dos comandos, ou o "gksudo" (a mesma coisa mas ele pede graficamente a senha). O Synaptic (link do menu) usa o "gksudo" pra pedir direitos de root, assim como todos softwares administrativos. O Ubuntu já vem configuradinho redondinho para trabalhar assim.
Quando você define uma senha, você automaticamente mata o "sudo" e todos esses programas param de funcionar. Ai você teria (em teoria) que virar root e chamar programa a programa pela linha de comando.
O problema é que quando você vira root com o comando "su -" ou "su - root" você inicia uma nova sessão na sua máquina, mesmo que naquele terminalzinho. Nisso todas as variáveis de ambiente do seu usuário morrem e as novas variáveis de ambiente do root são carregadas. Ocorre que dentre elas, está a variável de ambiente do "X" que é o servidor gráfico. Então, quando você vira root no terminalzinho, é como se tivesse logado lá no modo texto pois com as variáveis do ambiente gráfico mortas, é o mesmo que se você estivesse com o gnome (ou kde ou seja la qual ambiente) fechado, assim como todo do X. Então quando você chama o synaptic, o mesmo não encontra o ambiente gráfico aberto e não consegue iniciar (visto que ele é um programa gráfico).
Em suma: Você fez uma grande lambança! Sugiro que você vá até o tutorial que te ensinou a ativar a conta do root e tente descobrir como fazer o processo reverso. Mas por hora... tente ao invés de usar "su -" usar apenas um "su" seco, assim:
su
<senha do root>
synaptic
