Quebrar o sistema por causa de um aplicativo eu nunca consegui, mas erros afins sim é possível. Geralmente, qunado dá problema, pode não abrir ou fechar inesperadamente durante o uso. Mas isso não é mais comum, o problema são os programas feitos para funcionar quase que exclusivamente com um ambiente gráfico. Você acaba carregando bibliotecas de dois ambientes gráficos deixando seu sistema ainda mais pesado. Eu tento não misturar, mas quando gosto muito de um determinado programa eu não penso duas vezes eu instalo. Por exemplo, eu uso o Rhythmbox no KDE e instalo o K3b seja lá em que ambiente usar. Nunca tive problemas com isso. Só recentemente no KDE 5 não consigo mais usar o Exaile nele. Fecha do nada durante o uso!