Sem querer, acabei descobrindo sozinho.
Segue o que eu fiz, para caso alguém queira usar o compiz como gerenciador de janelas padrão.
1) Abra o menu Sistema, no Painel Superior
2) Abra Centro De Controle
3) Abra Mate Tweak
4) Depois vá para Windows (ou Janela)
5) Daí é só definir o Compiz no campo Window Manager (ou Gerenciador de Janelas)