Minha primeira pergunta é: como você conseguiu instalar o Format Junkie?
Qual versão do Ubuntu?
Se não instalar todas as dependências ele não funciona mesmo!
Instalou o ffmpeg e o libavcodec-extra-54?
Eu não consigo instalar ele no 14.10! Não tem mais o pacote libavcodec-extra-54, e mesmo quando baixo ele manualmente para instalar dá erro de dependências!